一、公诉案件撤回起诉的法律依据
1979年刑事诉讼法第108条规定：“人民法院对提起公诉的案件进行审查后，……对于不需要判刑的，可以要求人民检察院撤回起诉。”由于这一规定过于原则，在司法实践中曾引起强烈的争议。如：哪些案件不需要判刑？人民检察院有无撤诉决定权？人民法院要求撤诉的时间是在开庭前还是开庭后？如果人民检察院不撤诉怎么办？人民法院要求人民检察院撤回起诉是否侵犯检察权？撤回起诉后人民检察院是否还能重新起诉等等。[1]1996年修改后的刑事诉讼法废除了原刑事诉讼法第108条公诉案件撤回起诉的规定，仅保留了自诉案件中自诉人的撤诉权，这是我国庭审改革的一项重要内容。刑事诉讼法实施后，为统一执法观念，强化有法可依，1998年1月19日，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大法工委共同制定了《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》（以下简称《规定》），该规定中也没有认可撤回起诉制度，可见，公诉案件撤回起诉已经失去了刑事诉讼中的价值和法律上的依据。但是，1998年6月9日，最高人民法院发布《关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》（以下简称《解释》），《解释》第177条规定：“在宣告判决前，人民检察院要求撤回起诉的，人民法院应当审查人民检察院撤回起诉的理由，并作出是否准许的裁定”。1999年1月18日，最高人民检察院发布《人民检察院刑事诉讼规则》（以下简称《规则》），《规则》第351条规定：“在人民法院宣告判决前，人民检察院……发现不存在犯罪事实、犯罪事实并非被告人所为或者不应当追究被告人刑事责任的，可以要求撤回起诉”。由此可见，公诉案件撤回起诉制度的依据仅来自两高的司法解释。
我国正在逐步走向法制国家，“法无明文规定不为罪，法无明文规定不处罚”已成为我国的法制原则。作为诉讼意义上的刑事程序规则，是由国家立法机关制定的基本法律即刑事诉讼法明确规定的，司法机关不得违背刑事诉讼法的明文规定，以任何形式包括以司法解释的形式改变诉讼制度。1996年刑事诉讼法废除了公诉案件撤回起诉制度，并不是立法上的疏忽，而是其已没有存在的价值。1979年刑事诉讼法第108条、第109条规定，人民法院对公诉案件的审查，既包括程序性审查，也包括实体性审查。但法院实际上是将主要精力放在庭外调查和庭前审查上，开庭审理只不过是把在庭前已经得出的结论合法化，使庭审成为过场。为防止法官先入为主，避免庭审流于形式，修改后的刑事诉讼法，将庭前审查限定为程序性审查，使符合开庭审判形式要件的案件都能进入法庭审理，并在庭审中解决案件实体问题。这更符合控审分离原则的要求，同时也为彻底废止“先定后审”创造了条件。我国将庭前审查限定为程序性审查，是一种顺应世界庭前审查制度改革趋势的立法选择。[2]有学者为了论证撤回起诉在我国刑事诉讼中的合法地位，列举了世界各国刑事诉讼制度中的有关规定，如日本、德国、我国的台湾地区等，都对撤回起诉的范围、条件、时间作出界定。可他们却忽视了一个根本性的问题，即刑事诉讼法是立法机关制定的法律，立法机关将撤回起诉制度予以废除，说明撤回起诉已不再适应新的诉讼活动。另外，我国的诉讼制度与国外一些国家的诉讼制度也有很大的差异，我们不能以国外立法例作为我国撤回起诉存在的理由。这就是修改后刑事诉讼法废除撤回起诉的立法原意。
事实上，两高的司法解释已经超越了立法规定，将立法机关废除的制度用司法解释的形式重新纳入刑事诉讼轨道，有违刑事诉讼法“程序法定”原则的基本要求。基于程序法定原则，基于保障人权的要求，凡是涉及国家司法机关的职权配置和犯罪嫌疑人、被告人重大权益保障的事项，都应当由立法机关通过法律的形式加以明确规定，而不能由其他机关、团体或个人以其他任何形式作出规定。公诉案件撤回起诉涉及到代表国家行使控诉职能的检察机关的权力配置，根据程序法定原则的要求，应当由作为基本法的刑事诉讼法加以规定。既然刑事诉讼法并未就撤回起诉作出明确规定，表明立法机关并没有赋予检察机关这一权力。而两高在法无明文规定的情况下，以司法解释的形式对撤回起诉的程序作出规定，这是司法权对立法权的僭越，这种司法立法的现象是违背程序法定原则的要求的。[3]目前司法解释违背立法原意、任意扩大解释的情况较为突出，这也是理论界对司法解释批评较多的原因。