首先，波伦亚法学院的组织形式与当时的大多数情况类同。学生们聚集在一起，延聘一位教师用一年的时间讲授罗马法；所采用的法律形式是教授与学生中的合伙。③但其又有自己的特点。为了保护他们自己免予……危险，大学生们便基于他们的种族、地理出身结合成许多“同乡会”，……最终，它们联合成两个合作制团体，或称公会，一个由来自阿尔卑斯山以北的全体学生组成，一个由来自阿尔卑斯山以南的全体学生组成，每个团体均以universitas的形式予以组织；universitas是罗马法上的一个术语，当时意为具有法律人格的联合，用今天的术语讲，便是社团。……（它们）从波伦亚市获得了一分特许状，取得一定的管理权利。……大学的管理机构是一个总理事会，每个“同乡会”都选举两名成员参加该理事会。理事会有自己的章程和权限范围。教授们并不是学生工会的成员，（他们）建立了自己的联合会，即教师会，它有权考试和接纳博士候选人-并收取考试费。……教授们保留了确定他们自己公会成员的权力，但这大约也就是他们的全部权力了。④由资金的缴纳汇集人来管理资金的使用及基于资金等而形成的社团的运作，管理人会出于自身利益最大合理化的目的有效管理社团和资金。而作为传授知识并以知识的传授获取价值交换的一方，另建社团与资金拥有人社团相对应，也有自己的权利和管理方式。两个相对应的社团相互作用及合作，会使得知识资源和资金资源达到合理有效的配置。
其次，对组织控制的相对自由。教会的统治制度在管理法律教育方面也起到了某种重要的作用。除了意大利城市外，12世纪整个欧洲的法律教育都是由宗教权威而不是世俗权威管理的。……但是，历史的看，与此前已经存在的教育机构相比较，比主教控制大学更有意义的是大学对于这种控制的相对自由。……在那以后的一个多世纪里，波伦亚大学的教学没有受到教会的直接控制。不过，间接的实质性压力确实存在。……总的来说，波伦亚的法学家们可以对于罗马法中的各种规定自由地表示拥护，无论它们对于皇权和教皇权所表达的观点如何对立。……因此，欧洲各大学自始就把自身确立为教育机构，在那里，教授们能够自由的采纳相互对立的观点。⑤一种绝对的控制就会扼杀自由，自由的扼杀必会带来难以回挽的损失。科学是在自由的状态下不断获取新生的力量，是在不同观点的碰撞中击出闪耀的火花。一种绝对化的表述长期的统治于某一区域，必然使得该区域的思想处于一泓死水的状态，学术的倒退甚至消亡就在所难免了。法学作为一种社会科学，是处理人们行为与规则的技术和人文融合的专业学科。对人行为的分析是千变万化的，规则的技术性运用与人文世情也是百般不同的，所以必须容许对同一问题的看法上的相异性。尽管看法并不一定就代表着判决，因为判决是依据现行的规则，而规则并不一定永远正确。因此，对不同观点的容许和能够自由的表达不同的观点是学术发展的必要前提，而创立这一环境就更显重要了。
最后，组织机构的目的和方向必须明确。波伦亚从一开始便是一所研究生院意义上的大学；也就是说，大多数学生在入学之前已获得了文科教育（通常是在修道院学校或大教堂学校）。……从12世纪开始，接受过文科教育是从事法律、神学以及医学这些新“科学”学习的一个先决条件。①没有目的和方向的行为终会成为低效的行为，而一机构或组织没有了自身的目的和方向也必然演化为低能无效的集体。不仅如此，定立相对较低的目标和苍白的远景也会影响到组织的后续性发展。波伦亚法学院之所以能在中世纪众多大学中独树一帜，并为许多城市所效仿，其为自身所定立的目标并为之作出的不懈努力是不可忽视的因素之一。正是因为波伦亚法学院秉承研究的鸿志，才使得罗马法这一绚丽的玫瑰再次怒放于亚平宁半岛，传播于欧罗巴，并为其后法学传统的复建奠定基石。同时为了研究的底蕴能够确保，其对入学之才的筛选也值得人们思索。