（七）监视居住执行方面存在侵犯公民权利的问题
监视居住是指人民法院、人民检察院、公安机关依法责令犯罪嫌疑人、被告人不得擅自离开住处或者指定的居所，并对其行动加以监视的一种强制措施。应当说，监视居住是我国刑事强制措施体系中的重要一环，对不符合逮捕条件或不宜逮捕的犯罪嫌疑人、被告人，在其无法找到保证人或者交不出保证金时，对其适用监视居住是最好的选择。我国的刑事诉讼法对监视居住的执行也作出了明确规定。我国《刑事诉讼法》第五十七条规定：“被监视居住的犯罪嫌疑人、被告人应当遵守以下规定：（一）未经执行机关批准不得离开住处，无固定住处的，未经批准不得离开指定的居所；……”公安部于1998年5月14日发布的《公安机关办理刑事案件程序规定》第98条规定：“固定住处，是指犯罪嫌疑人在办案机关所在的市、县内生活的合法住处；指定的居所，是指公安机关根据案件情况，在办案机关所在的市、县内为犯罪嫌疑人指定的生活居所。公安机关不得建立专门的监视居住场所，对犯罪嫌疑人变相羁押。不得在看守所、行政拘留所、留置室或者公安机关其他工作场所执行监视居住。”根据这些规定执行监视居住应当不会侵犯公民权利。但办案机关或者执行机关由于担心被监视居住人逃跑或者实施其他妨碍侦查、起诉、审判活动的行为，因而在执行监视居住时，违反法律规定，实施侵犯被监视居住人人身自由权利的行为。例如，派执行人员住进被监视居住人家中，对被监视居住人的生活起居均进行监视；又如，违反规定，建立专门的监视居住场所，或者在看守所、行政拘留所、留置室或者公安机关其他工作场所执行监视居住，变相羁押被监视居住人，严重侵犯公民的人身自由权利。而对办案机关或者执行机关这种违法监视居住的行为，法律缺乏有效的监督制约机制。作为法律监督机关的人民检察院由于本身承担着控诉犯罪的职能，因而对这种违法行为往往是听之任之。
（八）另有重要罪行重新计算侦查羁押期限只需公安机关批准，不需要经检察院审批，缺乏必要的审查监督。
我国《刑事诉讼法》第一百二十八条第一款规定：“在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照本法第一百二十四条的规定重新计算侦查羁押期限。”根据我国《刑事诉讼法》的规定，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限的延长均须经上一级检察院或者省级检察院批准。但是，根据最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大常委会法制工作委员会（简称“六部委”）于1998年1月19日发布的《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第三十二条的规定，公安机关在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行，重新计算侦查羁押期限的，由公安机关决定，不再经人民检察院批准，但须报人民检察院备案，人民检察院可以进行监督。《刑事诉讼法》对“另有重要罪行”的规定本身含糊不清，“六部委”的这一规定又将“重新计算侦查羁押期限”大权赋予了公安机关，重新计算的侦查羁押期限至少有两个月的时间，而这一限制公民人身自由达两个月的决定只须作为追诉机关的公安机关一家决定即可，这无疑是对公民人身自由权利的极大威胁。
三、完善刑事强制措施制度，强化公民权利保障
（一）树立无罪推定理念，在刑事诉讼中完全确立无罪推定原则。
无罪推定是当代世界各国在刑事诉讼领域普遍采用的一项诉讼原则。根据这一原则，任何人在被法院判决确定为有罪之前，均应假定（或推定）为无罪。这一原则贯穿于刑事诉讼的全过程，在各国的刑事诉讼法中有充分的体现。例如，对于疑罪，应按有利被告的原则处理；控诉方承担举证责任，反对犯罪嫌疑人、被告人自证有罪；犯罪嫌疑人、被告人享有沉默权；在采取刑事强制措施方面，犯罪嫌疑人、被告人在原则上均能获得保释，在法院作出有罪判决之前的羁押均为例外。