村民委员会自治运动已在 中国大地上如火如荼地展开，从1988年《中华人民共和国村民委员会组织发》（以下简称《村组织法》）试行以来，我国的直接民主进程也在农村展开。村民自治运动因而对我国的方方面面产生了深远的影响。有学者认为它可能导致我国政治运行方式的整体的变化，而且也引起了国际社会的重视。也有人把它誉为我国农民的三大创造之一。（另两大创造为家庭联产承包经营责任制和乡镇企业）。但由于农村直接民主的实行也引发了许多问题，其中最敏感的一个就是党的领导与村民自治的关系问题。在实践层面表现为村两委（村支部与村委会）的冲突问题，在现阶段表现得非常尖锐。
一、两委矛盾的历史
其实两委的关系问题并非在现在才出现，早在我国人民公社解体以后，为填补农村的权力真空及无政府状态，农民自发地组织了村民委员会实行自我管理，并既而被我国1982年宪法所确认成为1982宪法的一大特色，也正式确立了村民委员会的性质及其法律地位。而党的支部在农村的建立可以追溯至革命根据地时期。因此可以说党支部在农村发展的历史远远早于村委会。但由于过去我国党政不分的体制及片面地强调党对人民群众的领导权，农村实际上的权力中心只有党支部，而没有另外的组织。撤社建乡以后，村委会渐渐发展起来。实际上在农村出现了两个领导中心。在村委会取得法律地位特别是在1998年《村民委员会组织法》<以下简称村组法>实行后，村民直选得以确立，两委关系问题随即出现，可以说两委关系问题是我国层层民主发展的产物，也是党政分离在农村引发的必然结果。关系问题早在党支部在农村建立起来那天就为两委关系问题产生埋下了伏笔。而由于强调党对一切的领导把问题掩盖起来。也是政权从全能主义到后全能主义 转变过程中的必然产物。由于两委问题长期没有解决好，引发了许多其他问题，如村内耗严重，农民的权利没有很好的保障，党的政策无法真正落实及党的权威在农村下降等，村民的民主权利被虚置等等。因此
解决好两委关系问题关系着农民的切身利益，也关系着村治的健康发展及党的领导的实现。
二、两委关系问题的表现及实质分析
我国《村组法》第二条规定:“村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众自治组织，实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督。村民委员会办理本村的公共事物和公益事业，调节纠纷，协助维护治安，向人民政府反映村民的意见、要求和提出建议”等主要职责。而《中国共产党农村基层组织工作条例》第九条第二款规定:“村党支部讨论决定本村经济建设和社会发展中的重要问题.需由村民委员会村民会议或集体经济组织决定的事情，由村民委员会村民会议回集体经济组织依照法律和有关规定作出决定。” 两者在条文上明显地存在矛盾：一是重要问题与涉及村民利益问题交叉；二是由于农村的现状导致农村的事务错综复杂难以区分重要与非重要问题，导致党支部与村委会在许多问题上拥有同样的决定权，权责不分明。而在实践层面则表现为村主任与村支书的矛盾。在许多重大问题上两者都有发言权，且两者的权力都有合法的来源。村主任的权力来源于村民选举，具有很强的合法性，而村支书的权力来源主要是由于中国共产党的执政党的法律地位决定的及历史传统（长期以来村支书都是唯一的权力中心）和是上级党委的认可。因此其合法性也不容质疑，并得到了民众的认可。因此村主任和村支书分庭抗衡导致
了矛盾的激化。有的学者把两委矛盾分为个人间矛盾、组织间矛盾和权力间矛盾。个人间的矛盾是由于村支书和村主任在性格、作风等方面的不同引起的，组织间的矛盾是职权不明存在重合引起的，而权力间的矛盾则是政权与治权的关系，也是国家与农民间关系紧张的表现。
也有人认为两委矛盾只是由于党委在新的形势下工作方法的落后和村运作不成熟引起的。由于村民直选村委后，党支部失去了过去一直以来直接插手村具体事物的途径和合法性而不知如何实现党的领导的恐慌状态。村委由村民直接选举产生，认为自身的合法性来源于民众，而不需要党的领导，出现了“村委直选，支部靠边；村委领导，支部放倒”的现象。