第一，该制度的立法过程表现了对公益性法人的设立人的意思的尊重。首先，日本民法第40条规定了“捐助行为的补充”，即财团法人设立人在确定章程具体内容之前死亡时，法院应根据利害关系人或检察官的请求对章程的具体内容予以规定。其次，在第72条规定：在法人解散时，其剩余财产的归属要依照发起人的意思确定顺位。作为这两条的立法理由，一是“不应该让捐助者的公益心付诸东流”；二是“尊重有公益心的人的意思可以促进公益事业的发展”。[43]
    第二，对设立方式采用了比较灵活的要件。首先，允许有时间期限的公益法人设立（日民第46条第一款第5项），即设立人可以仅在该公益法人存续期间内为该项特定公益事业提供属于自己所有的财产，同时可以事先确定该项财产在该项特定事业废止之后的归属。[44]其次，并不要求必须在设立之时已经具备一定的财产或资金，其财产或资金的筹集和投入可以在设立之后逐步完成（日民第46条第1款第7项）。
    第三，公益法人的设立从“特许主义”转为“许可主义”；社团法人成员的表决权不分其出资的多少而一律平等（日民第65条第一项）。
    （3） 立法对私人参与公益事业的限制

    日本民法的公益法人制度尽管有值得肯定的一面，但也应该看到它对私人参与公益事业还是设置了一些严格的限制。
    在设立的要件上，日本民法没有采用自由主义，也没有采用作为另一个极端的特许主义，而是采用了介于两者之间的许可主义。这种许可主义所依据的理念不完全等同于特许主义理念。许可主义一方面对私人参与公益事业予以承认，另一方面要求得到承认的公益行为必须接受国家的监督管理。这种立法又与营利法人立法形成鲜明的对照。
    值得注意的是，在立法过程中曾经有人提出过以但书的形式规定“对第71条规定的主管机关所为‘设立许可撤销’[45]不服者可以向行政裁判所提出申诉”的修改意见。但是，经过激烈的讨论，这一意见最终没有被采纳。
    3、中间法人问题
    如上所述，日本民法中的法人制度采用的是“营利法人”与“公益法人”的两分法，因此长期以来在此两者之间大量存在的既非营利又非公益的社会团体一直处于无法可依的状态，这是日本民法立法中的漏洞。为了解决立法中的漏洞，给中间性存在的团体以正当的法主体地位，日本在二战以后主要做过以下几方面的尝试。
    第一，在立法方面针对中间性存在的大型社会团体单独制定了许多——诸如《农业协同组合法》（1947年），最近的针对国立大学改革出台的《特殊行政法人法》等——特别法，以应对民法制度的不足与新型社会团体对法主体地位的要求。但是，这些特别法对于立法中的漏洞补遗所能提供的只是零打碎敲治标而不治本的措施。随着政治环境的改变和经济的发展，尤其是新近一段时期以来——NPO，NGO等等——各种带有公益性质的社会团体大量涌现更给陈旧的法人制度提出了新的课题。一方面，这些特别立法的对象只是相当规模以上的新型社会团体，它所能解决的只是新型社会团体中的一部分而不是全部，因此还有性质各异零星存在的大量的中间性团体仍处于无法可依的状态；另一方面，因为基本制度的设计存在缺陷，所以对每一种社会团体逐一立法不仅立法成本过高，且体系性保证上也出现了问题，因此新的社会现状要求用综合性的法人制度立法从根本上解决问题。
    第二，民法学界长期以来一直为了弥补立法中的不足以及应对新的社会现象进行着不懈的研究。其中，借用德国的“无权利能力社团”制度和概念对这一问题进行研究的时间最长，形成的理论最多，对判例和学说的发展影响也最大。尤其是将无权利能力社团的内部财产关系界定为总有，进而承认这种团体成员的有限责任这一理论已经被判例所采纳，[46]并在学界形成通说。由此，这些本来无法取得法人资格而作为中间性存在的团体便同其它已取得法人资格的团体基本同等地得到了承认。从结果上看，民法立法中存在的漏洞也因此得到了弥补。但是，这种承认只是一种消极意义的承认，问题并没有因此而得到彻底解决，加之新型的社会团体不断大量涌现，学界继而进一步研究公益法人的概念界定乃至如何通过立法以更为积极的方式赋予这些既非公益亦非营利的团体以法人资格等问题。