一、法官缺乏独立性
按照我国《宪法》、《人民法院组织法》以及三大诉讼法的规定：人民法院依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。该项规定确立了我国诉讼中的“司法独立”原则，但是该原则是以法院为基础的；在具体运作机制上，则是以法院审判委员会、合议庭等集体形式来实现，从而导致法官对审理的具体案件没有独立的决定权；在同一法院，对于案件的处理决定，行政级别低的法官往往要向高级别法官、普通法官往往要向具有行政职务的法官（副庭长、庭长、副院长、院长）汇报请示；在不同级法院间，下级法院往往会就一个具体的正在处理中的案件向上级法院逐级请示，以求得上级法院对该案的处理意见；由于法官之间审判权的不一致，存在有事实上的法官之上的法官，所以说在我国审判权属于法院，而非属于法官，换言之，我国的法官并未独立。
马克思曾指出：“要运用法律就需要法官，如果法律可以自动运用，那么法官也就是多余的了。”4由于法院的审判活动不可能由法院这样一个抽象的机构来“集体”行使，而只能由法官个人或若干法官组成的合议庭直接实施，所以法官在司法中的作用是显而易见的，只有做到法官独立，才能确保司法的独立。然而在立法上，我们一直倡导的是“人民法院独立审判案件”，而不是“法官独立办案”5。既然不承认法官独立，自然不可能赋予法官独立的身份，当然更不可能确立保障法官身份独立的各种制度。而作为法官，在既无独立的名份（身份）又无独立的资本（制度保障），却要求其有独立的品格，这无疑于缘木而求鱼。当然，在我国历史上确实曾出现过许多能不顾自身前途、乃至身家性命，在办案中刚正不阿、铁面无私、清正廉洁的“青天”，但这种“圣人式的自律成果”绝不能成为抨击当今法官素质偏低之依据，而应在完善重构我国法官管理体制，特别是改革法官选任制度时，引起人们广泛的思考。由于目前我国并没有建立起一种使法官无后顾之忧、又让法官不敢不值也不愿去贪蝇头小利的制度作为外部保障，所以作为缺陷之弥补，迅速建立一套确保从业人员具有较高素质的法官选任制度，不仅是全面贯彻依法治国基本方略的需要，也是落实以德治国方针的重要制度保证。
在我国，影响法官地位的重要因素主要是行政干预，我们的法院实际上处于权力机关和行政机关的双重影响之下。从本源意义上来考察，司法权应是一种被动性、判断性、程序性、中立性、终局性的权利，而其中的“判断性”和“中立性”特点决定了法官必须保持较高程度的独立性与中立性，以此才能保证法院审判活动的公正、合法与正当，因此，法院只宜接受“监督”而不应接受“命令”。而在我国，权力机关拥有对法院院长的选举权、罢免权，对副院长、庭长、副庭长、审判员的任免权，对法院审判工作的监督权乃至决定权（如现时理论界争论激烈的人大个案监督在个别地方人大就有相当大的市场），法院由权力机关产生并向它负责；而行政机关虽然是和法院平行的，但它对法院的人事选调、编制计划、财政安排、物资调配等可以直接控制。由于这种制度安排，致使我国的司法机关因其与生俱来的弱小，在实际运作过程中出现了偏面迎合权力机关、行政机关的倾向。而按照行政机关的工作方式进行法院的人事调配，即采用地方党委主管、上级法院协管的制度，致使一些不符合法院需要的人员，特别是不懂法律的一大批行政官员按照惯常的组织程序，进入法院领导班子；而法院所急需的法律专业人才却被排斥在法院之外，这样法院的从业人员不论是何种素质（包括法律素养），在其所在地区或所处行业均无“鹤立鸡群”之感，法院的威信、司法的终局性根本无从建立。6行政对于审判工作的干预，是法官们普遍感到为难的问题。正如严复曾评论的那样：“从中国之道言之，则鞠狱判决者，主上固有之权也。其置刑曹法司，特寄焉而已。故刑部奏当，必待制而，而秋审之犯，亦天子亲句决之，凡此皆与欧洲绝异而必不可同者也。今盎格鲁国民，其法庭咸称无上，示无所屈，其所判决，虽必依国律，而既定之后，王者一字不能易也。”7正是由于我们司法历史以来一直对权力和行政的依赖，所以在体制上也从来没有获得过独立的地位，因而司法职业者也就不可能形成一个在道德上有独立追求并有力量维护这一道德的群体。8虽然现实状况已经不能与严复的时代同日而语，但现实中，我们的法官时常会遇到依照领导的意见办案可能会有违法律的规定，而严格按照法律规定办案又可能因违背领导的旨意而影响到自己的前途，在时甚至会出现承办法官在没有得到上级领导（有时还包括非法院领导）对具体案件的处理意见前不敢下判之状况，法官的独立性以至司法的独立性根本没有得到保障。