解决上述现象的根本措施之一，是保证司法公正，自上而下建立健全一套合理有序的司法审判系统。为此首先需要从人民法院机构设置上建立一套保障司法公正的机构体系。我们认为，所谓机构设置包括两个方面，一是各级法院的设置；二是法院内部机构的设置。

（一）法院的设置

目前，我国的法院除了各专门法院及军事法院的设置外，主要分为四级，即基层、中级、高级人民法院和最高人民法院。按行政区划设置的地方各级法院，实行的是块块领导，司法管辖区域从属于行政管辖区域。除最高人民法院是由中央设置并由中央财政拨付经费外，其他各级人民法院都分别由各级地方解决其人财物。尽管宪法明确规定人民法院依法独立行使审判权，但这仅是就其业务或职责而言的，至于法院的组织关系、人事管理、办案经费、物资装备等方面，则均由地方负责。虽然人民法院组织法规定下级人民法院的审判工作受上级人民法院监督，但这种纯粹业务上的监督关系，在与人、财、物三权分离的情况下，由于缺乏实质性的内容，往往起不到应有的作用。

比如，在法院的人事管理方面，现行的法官管理体制延用的是地方主管、上级法院协管的传统干部制度。法官制度是干部人事制度的一部分，法官级别等同于行政级别。虽然法官的产生依照法律规定的程序进行，但法官的资格、待遇、职极、晋升、奖惩等方面，则是按国家行政干部进行管理，实行的是干部职务系列等级制，即科员、副科、正科、副处、正处、副局、正局等。这种体制对于专业性要求较高的法院来讲，显然是不够科学的。个别基层领导从未学过法律或从事过司法工作，但为了获得诸如副县级、副地级、副省级之类行政级别上的安排，亦可经由上述体制进入法院，成为法院各项实际工作的领导者。更重要的是，由于法院一般干部本来就属政府人事部门管理，这便使地方行政长官实际握有法院干部的升迁选拔大权。

法院现行的经费管理体制则更是产生和助长地方保护主义的一个重要原因。因为在目前的经费管理体制中，法院本身的部门利益和地方团体利益结成了相互依附的“锅与碗”关系。法院吃拿地方财政这碗饭，就难以摆脱自我保护的本能要求及其与地方的感情纠葛。在这种情况下，地方保护主义，实质上也是自我保护主义。（注：参见《中国司法制度改革纵横谈——全国法院系统第六届学术讨论会论文选》，人民法院出版社1994年版，第424页。）

要改变这些状况，必须从人财物三方面真正实现法院的独立，进而摆脱司法的地方化和行政化。

在法院的人事管理体制上，自1995年以来，全国各级人民法院相继成立了法官考评委员会，最高人民法院举行了初任审判员、助理审判员的全国统一考试。这些作法，对于现行法官制度的改革，对于法院人事制度的科学化、法制化管理，具有重大而积极的意义，同时也为今后的深化改革开辟了道路。我们建议，应当废除目前仅凭领导意志与好恶决定而后报人大任命的形式考核任命法官的作法，应当在目前工作的基础上设立与各级地方行政部门相分离的专门的法官考试与选拔中心，由其通过考试为各省市任命法官，而高级法官则一律由中央司法考试与选拔中心任命。这样做的目的，是通过法院自身的垂直领导，首先从人事上脱离地方各级的束缚。取得法官资格，不管是初级法官还是高级法官，必须通过严格的考试。通过考试和考核，把政治品德、法律知识、文化素质高，忠于人民、廉洁奉公、主持正义，必要时敢以身殉职的人选拔到机构中来。（注：刘海年《依法治国：中国社会主义法制建设新的里程碑》，载《法学研究》第18卷第3期。）使法官资格的取得及晋升体现公开、平等、竞争、择优的原则，真正做到能者上、庸者下，不辱法官的光荣称号与使命。（注：《中国司法制度改革纵横谈》，第394页。）其实，中国自古即有通过考试选拔人才的传统。正如有的学者所言：中国古代的科举考试尽管有许多弊病，但其进步意义在于，它能通过考试将社会上合格的人才吸收到政权中来。如果我们没有对司法队伍的资格考试，就难以避免一些庸才滥竽充数。（注：王家福等《论依法治国》。）从国外经验来看，与中国现行法律制度体系具有更多渊源的大陆法系各国，都设立了针对那些选择法律职业的大学毕业生的司法培训或司法考试制度。例如在日本，法官、检察官和律师这三类主要法律职业者的研修统一到隶属于最高法院的日本司法研修所中进行。任何一个打算从事法律职业的大学法科毕业生都必须参加淘汰率高达97%的国家司法考试，成功者作为“司法门徒”进入研修所进行为期两年的司法研修；研修结束后还需要经过一次考试方能开始其各自的职业生涯。由于极其激烈的竞争和极高的淘汰率，从而更提高了法律职业的价值。（注：参见贺卫方《法律教育散论》，载《湘江法律评论》（第一卷），湖南出版社1996年版，第11页。）在我国，通过统一考试而选拔法官也是十分必要的。