当然，罪犯在物质、文化方面的良好待遇不能绝对地证明其总体待遇高于普通守法公民，罪犯还要经受被剥夺自由的痛苦，但是，在物质文化需求没有普遍得到基本满足及其罪犯服刑意识逐步淡化的现实面前，不得不承认这种不公正性和负面效果性的客观存在。
（二）、改造手段事实上的弱化与改造罪犯、预防犯罪根本宗旨的冲突
在现代化文明监狱条件下，奉行文明管理，大力推行文明执法和狱务公开，严禁干警体罚、变相体罚罪犯，严格规定了对罪犯使用警戒具的条件和程序等，这有效地防止了监狱干警任意违规执法情况的发生，保障了罪犯的基本人权，这符合世界行刑的基本原则和潮流；与此同时，在罪犯的管理教育体系中却缺乏对违规罪犯的强力惩戒措施，这就出现了对罪犯权利保障要求的提升和对罪犯（特别是常习性违规罪犯）惩戒力度降低的强烈反差，这就在一定程度上导致了教育改造手段强度的相对弱化，这既不利于改造罪犯（特别是常习性违规罪犯），达到刑罚的个别预防目的，也不利于建立良好的狱内改造秩序。在现行的《罪犯考核奖罚规定》和《罪犯分级管理规定》中，对于严重违纪（不构成犯罪）的罪犯最为严厉的惩罚是降为严管级并进行禁闭（最多14天），严管级的待遇较其他级别的最大差异仅限于不得提请减刑假释、通信会见方面受到严格限制，除此之外，没有其他在待遇上的重大差异。工作在一线的干警都知道，常习性的违规罪犯多是那些亲情观念淡薄或家中已无至亲、刑期相对较短（5年以下）或者刑期相对较长（15年以上）、价值观念严重扭曲（如为逃避劳动而自伤自残）的罪犯，对这部分罪犯即使实施上述最为严厉的惩戒，效果往往是不尽人意，在管理和教育罪犯的实践中也不乏这样的实例。
此外，对现代化文明监狱标准的教条化理解也事实上造成了教育改造手段强度的弱化和负面效应，如对非正常死亡率标准的把握，有的监狱为了实现对此的严格控制，制定了严格的责任追究制度，如哪个分监区发生罪犯非正常死亡（如罪犯自杀），从监狱领导到分监区值班的干警都要追究责任，其实，对此问题不应“一刀切”，而应是具体问题具体分析，分清责任，真正推行“过错责任原则”，要切实调查清楚罪犯的死亡与干警的管理疏漏是否有必然的联系，若干警有能力并有可能（以其他普通干警在此情况下的能力和认知可能为标准）予以制止而没有采取应有措施或者是干警的不当管理导致，自当难逃其咎；倘若没有必然联系，也就失去追究责任的因由，如罪犯因无法忍受病痛自杀或者多次申诉失败后要以死来证明自己的“清白”或者是意外事件，特别是在干警进行正当批评教育后自己想不开而自杀，干警也采取了夹控措施，落实了巡仓制度，在这样的情形下，罪犯死亡的结果还是发生了，则不应当追究责任，这也是《评审细则》中规定非正常死亡率幅度的题中之义。倘若教条的理解这一标准，必然会错误追究责任，必在干警中造成不必要的心理压力，更要注意的是，当罪犯以自杀等方式来要挟干警或达到特殊目的时，更不应当过多追究干警不当责任（不构成犯罪），否则必将在干警中产生“多一事不如少一事”的心理，对类似的罪犯管理时必然会追求“罪犯不出事”的功利价值，而忽视对罪犯管理教育的终极价值——改造罪犯，预防其再次犯罪，这也是与现代化文明监狱的内涵背道而驰的。
（三）、罪犯改造情况评价标准的欠缺与预防犯罪终极价值的冲突。
在现行的工作实践中，我们在评价罪犯改造表现时常用的标准是：遵规守纪情况、劳动产量、“三课”学习成绩、特长贡献等，这都是对罪犯表现的客观评价，而对罪犯思想改造（内心的悔罪意识、危险倾向及再犯罪的可能性）的评价近乎是空白（即使是对认罪服法态度的评价，也因涉及到认罪服法率等量化指标的限制，往往以罪犯自我表述为据，很大一部分都是“真实的谎言”，考评流于形式化），容易导致对罪犯改造表现评价的表面化和简单量化，不能准确的评价罪犯的改造表现，滋生“假积极”、“在监狱里走新生路，回归社会后走老路”等虚假改造现象，难以确保改造质量，这种评价体系和方法可以在操作上带来一定的便利和高效，但这既是与预防犯罪的终极价值是相左的，也是与现代化文明监狱改造质量的要求相背离的。