一、我国公司法存在的主要问题
1.公司法与相关法律不协调。
第一，公司法与外商投资企业法不协调。《中华人民共和国中外合资经营企业法》（以下简称《合资企业法》）第4条和《中华人民共和国外资企业法实施细则》（以下简称《实施细则》）第19条规定，外商投资企业的组织形式为有限责任公司。而《公司法》第18条规定：“外商投资的有限责任公司适用本法，有关中外合资经营企业、中外合作经营企业、外资企业的法律另有规定的，适用其规定。”这就导致了中资有限责任公司和外商投资的有限责任公司，在适用法律上的双轨制：其一，股东出资缴纳的原则不同。中资有限责任公司股东，依照《公司法》第25条的规定实行法定资本制，即股东应当足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。而外商投资的有限责任公司股东，依照《实施细则》第31条的规定实行授权资本制，即外国投资者可以分期缴付出资，但最后一期出资应当在营业执照签发之日起3年内缴清。其二，公司机关的设置不同。中资有限责任公司按照《公司法》第37条、45条和52条的规定，一般都要设置股东会、董事会和监事会。而外商投资的有限责任公司依照《合资企业法》第6条的规定，只设董事会为公司的权力机构。
第二，公司法与证券法不协调。造成公司法与证券法不协调的主要原因是，公司法颁行时还没有证券法（1999年颁行）。所以，在制定公司法时，为规范证券的发行和交易，理应由证券法规定的法律规范，只能规定在公司法里，如股票和公司债券发行审查制度、上市公司制度等。
另外，公司法与证券法对一些问题的规定也不尽一致。如关于股份公司申请股票上市交易批准机关的问题，关于股票溢价发行价格如何确定的问题等。
2.公司法自身存在的问题。
第一，有些规定存在错误。如公司法第4条第3款规定，“公司中的国有资产所有权属于国家”，违反公司法理。
第二，有些没有明确规定。公司法规定由其他法律、法规作出规定或授权国务院作出规定的条款就各有8处。如公司法第135条规定：“国务院可以对公司发行本法规定的股票以外其他种类的股票，另行作出规定。”就股票发行种类，公司法只规定了记名股票和无记名股票两种，而其他种类的股票国务院至今没有作出过任何规定。其他类似的缺乏明确规定的条款还有第71条、80条、155条等。
第三，有些规定不易操作。如公司法第184条第3款关于公司合并的规定为：“公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。”而对合并协议的具体内容、合并协议的效力以及发生问题如何处理等都没有规定。
第四，不少规定欠完善。如公司法关于公司法人治理结构、关于股东权的保护、以及关于债权人的适度保护等问题的规定，都有待完善。
二、公司法修改的重点
1.关于公司的设立原则。纵观各国公司法律，公司设立的原则，主要有许可设立和准则设立两种。当今西方大多数国家，除对特殊公司的设立采取特许设立原则（即公司由特别法律准许设立），一般均采用准则设立原则。
我国公司法规定，公司设立采用准则设立原则。但该法又规定，设立有限责任公司，法律、行政法规规定需要经有关部门审批的，应在公司登记前依法办理审批手续；“股份有限公司的设立，必须经过国务院授权的部门或者省级人民政府批准”。（第77条）这意味着，我国有些有限责任公司和全部股份有限公司的设立，是采取许可设立原则的。
公司设立采取许可设立原则，虽对防止公司滥设起了一定的积极作用，但却存在着国家行政机关对公司设立干预过多、设立人意思自治难以体现等弊端。而采取准则设立原则，国家行政机关只对公司设立是否具备法定条件进行审查。因此，参照国外公司立法经验，结合我国公司实际情况，我国股份有限公司的设立，不必一律采取许可设立原则，应对《公司法》规定的关于公司设立的条款进行修改，即删除第77条，使其体现：公司设立基本采取准则设立原则，个别公司设立采取许可设立原则。