纳税人在审计中还有一项重要的权利，那就是就审计中出现的问题与税务机关讨论，并对审计的最终结果进行协商解决的权利。审计是为了确定纳税人是否正确履行了纳税义务，对于审计中发现的漏欠税款，税务机关有权补征和追征，对于偷税行为，还有权进行处罚以及移交司法机关处理。但是，为保证处理结果的公正，纳税人有权与税务机关讨论相关问题，澄清有关事实，对最终影响审计结果及纳税义务确定的税务问题，更应保证纳税人的陈述权。在一些复杂的审计案件中，一般设有和解程序，便于税务机关与纳税人认真磋商复杂问题的最后解决方案。当然这种和解必须是根据合理、公平和一贯适用的和解程序达成，且和解程序必须是与良好税制的运行、整体公平以及税务机关所有资源的有效利用相时宜的。[54]
    在对纳税人的税务审计中，经常会涉及对第三方的调查，如雇主、银行等，以获取和核实纳税人的有关资料。为保证纳税人的隐私和信息机密权，税务机关调查前，应该通知纳税人，并给予纳税人反对的机会和途径。纳税人可以抗议的正当理由包括，税务机关已经掌握了要调取的资料，或者该资料的调查会实质性地损害纳税人。唯一不需要事先通知纳税人的例外是，税务机关有理由认为该通知会使调查的目的无法实现。纳税人对税务机关例外权的行使，同样应该有救济的方式。一旦纳税人得知信息资料来源于税务机关向第三方的调查，纳税人有权要求对税务机关例外权能否行使进行听证。[55]
    目前，各国对审计中的非歧视保护尚未引起足够重视，这对纳税人的保护显然不利。首先，人权中的隐私权应适用于纳税人使其免遭不合理的搜查。其次，非歧视条款也应适用于税务审计领域。应该说，禁止歧视原则在税法中有广泛运用，但是一般没有具体到审计中对纳税人的选择问题上。税务机关在如何运用行使审计权力方面往往拥有广泛的裁量权，且被视为是正当合理的。审计对象的挑选，常常以现代税制的高效运行为目的，依据现代审计风险分析来确定有高逃税风险的特定群体或者行业。纳税人在此间需要保护的是，保证审计挑选非出于故意歧视或者恶意针对某纳税人构成实质骚扰。其实，从另一方面而言，税务机关同样需要保护，保证其审计和调查权力不受其他行政机关和政府部门的不当干涉，防止被政客和政府官员利用当作干扰和压迫的工具，这对于纳税人非歧视的保护同样重要。在这一方面，美国已经做出了改进。在1998年颁布的第三部《纳税人权利法案》中，有一系列规定保证审计独立，禁止政府行政部门的官员干涉国内收入局的审计和调查，如果发生此类情况，国内收入局的职员有义务向总督察官报告，干涉人员可能因此遭受罚款直至监禁的处罚，而相关职员如没有履行报告义务，同样会遭受处罚。[56]
    搜查和扣押权力一般常在税务审计中使用。根据《欧洲人权公约》第8条的规定，该项权力属于严重侵犯基本人权的权力，其行使必须有严格的限制条件，且必须作为最后不得已的手段运用。因此，在那些引进权利法案的国家，通常将此项权力纳入权利法案的审查体系中，要求权力的行使必须有法院或者某一独立的第三方以许可令或其他类似文书授权。基于纳税人基本人权的保护，应该由独立的第三方对税务机关行使该权力的合理基础进行确认。正当程序要求有措施防范税务机关未经授权许可进行搜查和扣押，而不仅仅是赋予纳税人遭受不合理的损害后提起诉讼的救济权利。税务机关在搜查之前应该通知纳税人，除非有合理的理由认为通知会阻碍搜查的目的实现。搜查应该在正常的营业时间或者双方预约的时间进行，除非有例外情形。各国对搜查的范围规定各不相同，但是，如果是授权许可的搜查，一般允许税务机关对营业场所进行彻底搜查，以保证目的实现。这包括对计算机信息的检查，但一般不包括对个人人身的搜查，除非有确切的理由认为个人藏有与调查相关的文件。在授权的搜查中，税务机关一般有权扣押相关文件资料，既包括计算机硬盘上的信息，也包括下载电脑和其他电子方式储存的数据。对于非本国语言记载的信息资料，纳税人还有义务解释和翻译。但是，纳税人有权要求税务机关开具所有扣押物品的清单，并说明何时归还。除非是调查所必须的原始文件，纳税人有权要求税务机关复印相关资料，而不是取走原件。如果要带走原件，纳税人也应该有权先行复印备份。[57]