关税同盟和自由贸易区的例外条款对于欧共体来说是非常重要的，因为在这一领域欧共体与它的周边国家和发展中国家缔结了大量的国际协定。正如以上提到的欧洲经济区协定，在欧共体和欧洲自由贸易联盟（除去瑞士）国家之间建立了货物自由贸易区，在其他的经济领域建立了共同市场；欧共体与中东欧国家缔结的欧洲协定也旨在建立一个自由贸易区；与土耳其、塞浦路斯和马耳他缔结的协定还规定了相互之间建立关税同盟。对于欧共体缔结的这些国际协定，GATT框架下的许多工作小组经常批评欧共体违反了GATT有关关税同盟和自由贸易区的第24条例外规定。首先，实质上所有的产品贸易必须自由流通这个条件就没有满足。因为在这些协定中，很大程度上，农产品被排除在自由贸易之外；GATT中规定的自由贸易区应该按照事先的计划在合理的时间范围内形成这个条件也没有得到遵守。例如，在欧共体和土耳其之间达成关税同盟之前，两者缔结的协定已生效了30年，还将无限期地生效。

尽管这些方面遭到众多的批评，到目前为止，这些做法还没有被明确地否定，因而，欧共体缔结的这些国际协定仍然存在于法律不确定的状态中。

GATT中基本原则的另一个例外是欧共体有关普遍优惠制的规定。众所周知，普惠制并不是欧共体的创造，它源于60年代联合国的贸易与发展会议，旨在增加发展中国家的出口创汇收入，促进发展中国家的工业化，加快其经济发展。1968年联合国第二界贸发会议通过了关于建立对发展中国家的关税优惠制的第21（II）号决议。根据该决议，普惠制有以下特点：1普遍性，即所有发达国家对所有发展中国家出口的制成品和半制成品给予的优惠关税待遇；2非歧视性，即所有发展中国家都一视同仁地、无例外地享受普惠制待遇；3非互惠性，即发达国家应单方面给予发展中国家特别的关税减让，而不应要求发展中国家对发达国家给予同等待遇。由于发达国家对发展中国家实施的普惠制背离了GATT的无差别最惠国待遇原则，GATT第25（5）条授权同意发达国家为实施普惠制在10年期限内背离最惠国待遇原则。1971年，欧共体理事会决定对发展中国家实施普惠制方案。长期以来，欧共体实施的普惠制是以条例的立法形式出现的，每年进行修正，不断扩大其适用范围。到目前为止，约150个非欧洲的发展中国家取得欧共体普惠制的受惠国资格，包括某些东欧国家和前苏联国家。在这些国家中，约有50个国家被认为是最不发达国家，因而享受比普惠制待遇更优惠的待遇。[72] 某些南美洲国家，因为其经济严重依赖药材的生产和贸易，也和那些最不发达国家一样享受比普惠制更优惠的待遇。[73]这些在普惠制框架下的优惠待遇引起了争议。这种做法被认为是违背了普惠制的非歧视性，发展中国家没有被同等对待。但另人遗憾的是，尽管GATT工作小组展开了激烈的讨论，这个争议仍没有得到解决。欧共体和美国在它们的普惠制方案中仍继续实施差别待遇原则。

1994年6月，欧共体委员会宣布将建议理事会改革旧的普惠制方案。1994年12月19日，欧共体理事会通过了关于工业产品普惠制方案的第3281/94号条例。[74] 按照新的普惠制方案，根据各种受惠产品对欧共体工业的不同敏感程度，分为不同的等级。对最敏感产品的优惠关税率是正常关税率的85%，对不敏感产品则提供完全的免税优惠。这种分级制度不适用于最不发达国家，对这些国家向欧共体输入的任何受惠产品，欧共体仍提供完全免税优惠待遇。[75] 新条例建立了多种标准的“毕业”机制。对那些发展中国家中的“最先进”的受惠国，欧共体将逐渐取消它们享受欧共体普惠制的资格；若一受惠国向欧共体出口的某一受惠产品在欧共体占很大的份额，则该受惠国的该受惠产品也将从欧共体的普惠制中“毕业”。[76]欧共体新普惠制方案中还引进了奖励机制，即对不满足有关社会状况和环境保护条件的国家不取消普惠制待遇，而对满足这些条件的国家则提供额外的关税优惠待遇。从这些措施，我们看到，欧共体新普惠制方案已于联合国贸发会建立的普惠制方案普遍、非歧视、全面免税、单向优惠少有共同之处。